Strassentunnels sind mit  unzähligen elektromechanischen Komponenten ausgerüstet: dies, um die Sicherheit für die Tunnelbenutzer zu gewährleisten. Die rasche technologische Entwicklung führt allerdings dazu, dass Ersatzmaterial fehlt, wenn ältere Anlageteile ausfallen. Deshalb werden 2009 im Gubristtunnel diejenigen Anlageteile erneuert, welche nicht für mindestens weitere 20 Jahre einen sicheren und unterhaltsfreundlichen Betrieb erlauben.
Um die Tunnelsicherheit zusätzlich zu erhöhen, wird die Betriebs- und Sicherheitsausrüstung gemäss den Richtlinien des Bundesamtes für Strassen  ASTRA aufgerüstet. Es ist vorgesehen, die Energieversorgung, die Beleuchtung, die Signalisationsmittel, die Mess- und Überwachungsanlagen, die Kommunikations - und Kabelanlagen, die Nebeneinrichtungen sowie die Elektroräume im Gubristtunnel zu erneuern. Das künftige Lüftungssystem ist speziell für die Belüftung bei Ereignissen wie einem Fahrzeugbrand konzipiert. In einem solchen Fall öffnen sich drei Abluftklappen, welche Tunnelluft und Rauchgase abgesaugen. Gleichzeitig strömt Aussenluft durch die Portale nach.  

Zusätzlich zu den beschriebenen Instandsetzungsarbeiten erfolgt ab März 2009 eine bauliche Massnahme an der Zwischendecke. Um die Verkehrsbehinderungen möglichst gering zu halten, wird ausschliesslich in verkehrsarmen Zeiten gearbeitet, das heisst die Tunnelröhren lediglich nachts und in einer Richtung gesperrt, vgl. die entsprechenden Mitteilungen über das neue Zürcher Verkehrsinformationssystem oder über die Medien.