Blick auf die deutsche Nord- und Ostseeküste
Mit Inkrafttreten der europäischen Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen verpflichteten sich die Mitgliedsstaaten der EU bereits 1992, ein zusammenhängendes Netz von Schutzgebieten zu schaffen. Diese Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie, 92/43/EWG vom 21. Mai 1992) bilden zusammen mit den Europäischen Vogelschutzgebieten gemäß der EU-Vogelschutzrichtlinie (Vogelschutzrichtlinie, 79/409/EWG vom 02. April 1979) das Schutzgebietssystem Natura 2000. Ziel dieses Netzes ist der Erhalt und die Wiederherstellung der biologischen Vielfalt an Land und im Meer.
Für die Umsetzung von Natura 2000 an Land und in den Hoheitsgewässern (innerhalb der 12-Seemeilen-Zone) sind in Deutschland die Bundesländer zuständig. Für Natura 2000 im Bereich der Ausschließlichen Wirtschaftszone Deutschlands (AWZ), die sich seewärts der 12-Seemeilen-Zone anschließt und bis zu den internationalen Gewässern jenseits der 200-Seemeilen-Zone reicht, ist hingegen der Bund, vertreten durch das BfN und das BMU, verantwortlich.
Ausschlaggebend für die Auswahl der Natura 2000 - Gebiete im Meer sind das Vorkommen und die Verbreitung spezieller Arten der Seevögel, Meeressäugetiere und Fische sowie der besonders schützenswerten, international bedeutsamen Lebensraumtypen „Sandbänke“ und „Riffe“, die in beiden oben genannten Richtlinien in Anhängen aufgelistet sind. Ziel der Ausweisung ist der Schutz dieser besonderen und gefährdeten Lebensräume und Arten.
Am 25. Mai 2004 hat Deutschland der EU-Kommission 10 Natura 2000 - Gebiete in der deutschen Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ, 12 - bis 200 - Seemeilen-Zone) von Nord- und Ostsee gemeldet. Zwei der Gebiete zum Schutz von Seevögeln sind seit September 2005 als nationales Naturschutzgebiet bzw. internationales Besonderes Schutzgebiet (Special Protected Area - SPA) ausgewiesen. Die acht FFH-Gebiete wurden im November 2007 von der EU als Gebiete gemeinschaftlicher Bedeutung (Site of Community Importance - SCI) anerkannt und sind mit Veröffentlichung im Januar 2008 rechtskräftig geworden.
