Auch für ITALIA 90 meldeten wieder über 100 Mannschaften, wobei die Gesamtzahl etwas unter dem Wert von Mexiko lag. Das erste Qualifikationsmatch fand, wie gewohnt, in der Karibik statt, wo Trinidad und Tobago die Mannschaft Guyanas am 17. April 1988 mit 4:0 schlug.

Der Zufall wollte es, dass Trinidad und Tobago zwanzig Monate später auch das letzte Spiel der Vorausscheidungsrunde bestreiten sollte. Einen Platz beim Finalturnier bereits vor Augen, verlor die Mannschaft in Port of Spain gegen das Team der Vereinigten Staaten. Das einzige Tor der Partie erzielte Paul Caligiuri und bedeutete die erste Weltpokal-Teilnahme der USA seit 40 Jahren. Costa Rica (unter Trainerlegende Bora Milutinovic) holte sich den zweiten CONCACAF-Platz (Mexiko war gesperrt worden).

Eine unerfreuliche Episode ereignete sich in der Südamerika-Qualifikation. Im Spiel zwischen Brasilien und Chile landete ein Feuerwerkskörper in der Nähe des chilenischen Torhüters Rojas, der daraufhin den Verletzten spielte. Sein Team, das zu diesem Zeitpunkt hoffnungslos im Rückstand lag, weigerte sich, weiterzuspielen. Das Ganze wurde jedoch rasch als abgekartetes Spiel durchschaut und zog lange Sperren für alle Beteiligten sowie den Ausschluss vom Weltpokal 1994 nach sich. Neben Brasilien komplettierten Uruguay und Kolumbien (zum ersten Mal seit 1962) das südamerikanische Kontingent. Kolumbien hatte sich im Play-Off gegen Israel behauptet, wobei in beiden Spielen nur ein Tor gefallen war. Israel hatte sich zuvor in einer Gruppe mit den Ozeanien-Vertretern Australien und Neuseeland durchgesetzt.

Europa war diesmal in vier Gruppen mit fünf Mannschaften sowie in drei Vierergruppen aufgeteilt. Die jeweils zwei Gruppenersten mit Ausnahme des schlechtesten Gruppenzweiten aus den Vierergruppen qualifizierten sich. Eine Niederlage in ihrem letzten Spiel gegen Rumänien führte dazu, dass die Dänen der schlechteste Gruppenzweite waren, und so verlor das Finalturnier eines der attraktivsten Teams von 1986. England und die Bundesrepublik Deutschland belegten jeweils den zweiten Platz in ihren Gruppen, der aber für die Qualifikation ausreichte. Es gab wenig Überraschungen, mit Ausnahme des 1:1-Unentschiedens der Franzosen am 22. Oktober 1988 gegen Zypern in Nikosia, das die Grande Nation schließlich den Gruppensieg kosten sollte. Schottland setzte sich mit einem Punkt Vorsprung durch.

In der wie üblich langwierigen Afrika-Qualifikation setzten sich zum ersten Mal seit 1934 Ägypten sowie Kamerun, das 1982 in Spanien kein einziges Spiel verloren hatte, durch. In einer sehr ausgeglichenen Gruppe der letzen Runde in Asien setzten sich die Republik Korea sowie die VAE ohne Niederlage durch, wobei ein Sieg und vier Unentschieden für die Araber zum Gruppensieg reichten.