 シン・アスカとなり、登場するキャラクター達との人間模様を描きながら、次々とミッションをクリアしてゆくストーリーモードだ。
誰と信頼関係を結び、誰を敵とするかは君次第！
戦いの果てに君だけのコズミック・イラを紡ぎだせ！
シン・アスカと他のキャラクターの関係を表す「相関図」画面だ。
この画面で、キャラクターのアイコンを選択！
すると、そのパイロットが登場するミッション一覧が表示される。
プレイするミッションの準備画面だ。
ここではシンや味方のＭＳ、覚醒タイプ、またこのモードでのみ使える特別な指令「特令」などをセッティングできる。
勝敗条件やステージ環境を確認して、戦いが有利になるよう作戦を練るといいぞ！
 “特令”とは、キャラクター別に設定できる特別指令だ。
実用的なものから変わったものまで、様々な種類が用意されているぞ。
通常の指令では全ての味方機が同じ行動をとるのだが、味方それぞれに異なった“特令”を設定することで、同時に複数の味方に異なる行動を取らせることができるのだ。
フォーメーション組んで戦いに臨め！
いよいよミッション開始！
勝敗条件や環境はミッションによって様々だ。
条件はポーズメニューからいつでも確認できるぞ。
プレイ内容により変化する信頼度。
ミッション中では信頼度により、キャラクター達は様々な行動を取る。それは、戦況を180度ひっくり返すほど！？
強い絆で結ばれた仲間こそ、最大の力なのだ！！
レイが指令を拒否！？
 信頼度が低いと、味方に指令を聞いてもらえないことも…
援軍、参上！
頼れる味方は一緒に出撃していなくとも、君のピンチに駆けつけてくれるだろう。
逆に、因縁深い敵は思わぬところで君の邪魔をしに来るかも！？
まさかの寝返りまで！
信頼度を下げるような行動ばかりを取っていると、味方に指令を聞いてもらえないどころか反逆を起こし、敵になることもあるのだ。
だが信頼度が高ければ、たとえ敵として現れたキャラクターでも寝返って君を助けてくれる！
同じミッションをプレイしても、その展開はさまざまだ！
 ミッションをクリアすると、そのミッションに参加したキャラクターは戦績に応じた“経験値”を入手することができる。
この“経験値”が一定量たまると、キャラクターがレベルアップ！
レベルが上がると戦闘能力のアップはもちろん、搭乗可能ＭＳが増えたり、新しい特令を覚えたりもする。
キャラクターによって成長の仕方や能力の上がり方は千差万別。
非常に頼りがいのある能力に成長するキャラクターもいれば、いつまでたっても足を引っ張るなんてキャラクターもいるかも！？
 ミッションクリア後に変化した信頼度が、「相関図」に反映される。
信頼度が上がると、相関図のキャラがシンに近づいていくぞ。
また、新しいミッションが出現したキャラクターには「NEW」マークが表示される。次なる戦いに挑め！
 信頼度が最高になるとミッション選択画面や相関図のキャライラストが変化！
このイラストはもちろん全て描き起こしだ！
 また、この状態になるとシンの代わりにそのキャラクターを操作して出撃できるようになる。
キャラごとに使えるＭＳは異なるので、苦手なミッションは自分の得意な機体を持つキャラで戦うというのもアリだ。
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