In grauer Vorzeit war das Mallnitzer Talbecken auch nach Süden hin abgeschlossen, sodass sich an der Stelle des heutigen Dorfes ein wunderschöner Gebirgssee staute.
Als eines Tages der Hirte Lenz vom See zu seiner Hütte aufstieg, entdeckte er im Gebüsch ein rotes Ei.
Es war kurz nach Ostern, sodass es nur ein Hasenei sein konnte.
Er nahm das Ei und legte es, um es zu kühlen, ins Wasser.
Er wußte nicht, dass aus einem Hasenei ein Lindwurm schlüpft,
wenn man es ins Wasser legt. So geschah es auch, und bevor der Hirte Lenz seine Hütte noch erreichte, kroch ein kleiner Lindwurm aus dem Ei und verschwand im See.
Der Lindwurm wuchs sehr schnell zu einem großen Ungeheuer heran.
Auf der Suche nach Nahrung verließ es den See und machte sich dann auch über die am Ufer grasenden Herden her.
Als der Lindwurm dort auch nichts Fressbares mehr fand, verließ er die Gegend und fraß einen tiefen Graben durch den Rabisch und zog bis zum Wörthersee.
Aus dem Mallnitzer Talboden floss das Wasser und es entstand eine fruchtbare Gegend.
Der Lindwurm wurde später erschlagen und ist im Klagenfurter Stadtwappen verewigt.

Im inneralpinen Raum ist mit einer dauerhaften Besiedelung wohl erst ab der Jüngeren
Steinzeit (3000-1800 v. Chr.) zu rechnen, wobei höhergelegene Gebirgstäler, wie das Mallnitztal, wohl noch nicht als Siedlungsraum genutzt wurden.
In der Bronzezeit (1800-800 v. Chr.) entwickelte sich bereits ein reger Metallhandel
von Salzburg aus über die Tauernübergänge in den Süden.
Handelsrouten führten wahrscheinlich auch über jene Übergänge auf Mallnitzer
Boden. Ein Fund eines Bronzeschwertfragmentes in Obervellach legt dies nahe.

Um die Mitte des dritten vorchristlichen Jahrhunderts wanderten die Kelten in unser Gebiet ein und überlagerten die heimische, hallstattzeitliche, illyrische Bevölkerung.
Ein Beleg für die Anwesenheit der Kelten auf Mallnitzer Boden ist der Fund einer keltischen Silbermünze am Mallnitzer Tauern.
Ähnliche Münzfunde auf Gasteiner Seite bestätigen die Wichtigkeit dieser keltischen Handelsrouten der Spätlatenezeit.
Aus keltischer Zeit ist noch der Flussname "Möll" von "molina" (=Bergbach).

Um 16/15 v. Chr. geht das keltische Königreich Norikum im Römischen Reich auf,
nachdem die keltische Bevölkerung bereits romanisiert war.

Das Mallnitztal hat auch zu dieser Zeit wohl noch keine kontinuierliche
Besiedelung aufzuweisen, doch unter den Römern wurden bedeutende,
bautechnisch kühne, befahrbare Straßen über Korntauern und Mallnitzer Tauern angelegt,
deren Reste noch heute deutlich im Gelände ablesbar sind.

Die Straßen wurden vermutlich als Transportwege für römische Truppen und Kriegsgerätschaften sowie für das am Bockhartgebiet abgebaute Gold gebaut, und führten über Teurnia zur "via publica", der römischen Hauptstraße.

Ein Ende für die romanisch, christlich geprägte Kultur in Kärnten bedeuteten die Einfälle der Slawen um das Jahr 600 n. Chr.
Der einfachste Weg ins Land vorzustoßen war entlang der Römerstraßen.
Das Aufeinandertreffen von Slawen mit der heimischen Bevölkerung dürfte
zunächst eher friedlich verlaufen sein, was auch von der Ortnamenforschung bestätigt wird.
"Mallnitz" leitet sich vom frühslawischen "Malinica" an, wobei die "-ica"Endungen im Slawischen eine Verkleinerungsform darstellen und Mallnitz damit als "kleine
Möll" zu deuten ist.

Die Region des Mölltales hatte bis zum Mittelalter nur einzelne Siedlungsinseln aufzuweisen. Im 10. Jahrhundert fanden zur Gewinnung von Wohn- und landwirtschaftlicher Nutzfläche Rodungen im großen Maßstab statt.

Ab dem 12. Jahrhundert geht man dazu über, auch höher gelegene Gebiete zu besiedeln. Es wurden im ganzen Mölltal Schwaigen angelegt, bevorzugt auch im Mallnitztal. Schwaigen waren planmäßig gegründete, ganzjährig
bewirtschaftete Viehhöfe, die jährlich bestimmte, in der "Urbar" zusammengestellte Abgaben an die Grundherrn abzuliefern hatten.

Seit dieser Zeit kann man mit Bestimmtheit von kontinuierlicher ansässiger
Bevölkerung sprechen. Erstmals urkundlich erwähnt wurde Mallnitz im sgn. "Urbar der vorderen Grafschaft Görz aus dem Jahre 1299". Mallnitz gehörte zu dieser Zeit dem Amte Falkenstein an und war damit ein Teil der Grafschaft Görz, mit dem Sitz in Lienz.

Im Mittelalter gewinnen die Tauernübergänge erneut an Bedeutung.
Besonders im 12. und 13. Jahrhundert stieg der Handelsverkehr
sprunghaft an.
Den Warentransport bewältigten die Säumer, die mit ihren Pferden Lasten bis zu 150/170 kg auf steilen Wegen transportierten.
Die Grundlagen für die Säumerei bildete vor allem der Transport von
Salz aus den Salinen Reichenhall, später sog. Welschwein, in den Norden.
Ab dem Spätmittelalter wurden auch Glas, Seide und Gewürze transportiert.
Die Frequenz über den Mallnitzer Tauern nahm zu, als die großen
Goldvorkommen entdeckt wurden. Wichtige Raststationen waren die Tauernhäuser.

Mallnitz wurde im Juni 1747 von einem verheerenden Hochwasser heimgesucht
und somit wurde auch die Aloisi-Kapelle vollkommen zerstört.

Gerettet werden konnten nur das "Altörl, die Bildnussen Gottes und deren Heiligen".
1749 wurde mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen.
Mathias Gröhenig vlg. Oberthomaser gab dazu einen Teil seines Besitzes am Höllerboden her. Am 10. Juli 1758 wurde die neue Kirche vom Obervellacher Pfarrer, Herrn Josef Wohlgemuth, dem hl. Alois geweiht.
Im selben Jahr wurde auch der Friedhof geweiht. 1832 wurde am Mallnitzer Tauern die Heiligenkreuz-Kapelle erbaut, welche jedoch bald darauf von einer Lawine zerstört wurde. 1852 ließ der Wirt des Gasthauses zu den3 Gemsen, Herr Simon Noisternig, auch damaliger Dorfrichter, auf eigene Kosten eine Turmuhr anbringen.
Der baufällig gewordene Kirchturm, wurde 1937 renoviert.
Der schlechte Bauzustand und die zu kleinen Dimensionen der alten Kirche führten zur Planung einer neuen Kirche.
1974 begannen die Abbrucharbeiten. Am 7. September 1975 wurde die neue "moderne" Christkönigs-Kirche geweiht.

Im 18. und 19. Jahrhundert machten sich viele Denker, Forscher und Abenteurer auf die Reise um neue Länder und Leute kennenzulernen. Die Meisten von ihnen veröffentlichten später ihre Reisen in Buchform. Dr.Franz Satori verfasste seine "Neuesten Reisen durch Österreich".
In diesem Buch beschrieb er die Kärntner als allgemein unzivilisiertes,
raues verschlagenes Volk. Diese Meinung löste heftige Proteste aus.

"Der Wald hörte bereits auf, nun öffnete sich eine weite Ebene, von schneeumschürzten Alpen schroff und steil, gleich Himmelsmauern umschlossen; im Hintergrunde scheint ein Kirchlein und wenige Hütten
auf der ebenen Flur den Reigen zu tanzen - man ist im Dorfe Mallnitz.
Wie viele Schicksale musste der Mensch erleben, wie so manches versuchen, bis ihn die Not zwang, aus lachenden Fluren in die riesigen Winkel der Alpen zu ziehen, und Samen, in Asiens Zonen nur heimisch zu seinem Unterhalt in Sibiriens Klima zu bauen!
Hier sind sieben Monate Winter, und die anderen fünf teilen sich in Tauwetter und drückende Hitze.
Man zeigte mir drei Klafter hoch am Kirchturm einen Strich, so hoch war vor einigen Jahren der Schnee:
es musste dann notwendigerweise das ganze Örtchen unsichtbar, und die Bewohner dem Ersticken, Erfrieren oder Erhungern nahe sein.
Die Kinder liefen, wie ich mich den Häuschen näherte, scharenweise vor mir, andere krochen auf Händen und Füssen hinter Bindein von Reisig, und schrieen erbärmlich, statt das dargebotene Geschenk anzunehmen.
Der Wirth, so wie die anderen Bewohner, sind gutmütig; Luxus, Heuchelei und Eigennutz, diese Pestbeulen verderbter Menschen, sind noch nicht über die Berge hier zugereist; leider hat aber auch Erziehung, Gelehrigkeit und Bildung den Weg hierher verfehlt.
Mehrere Stunden von jedem Dörfchen, und Tagesreisen von kleineren Städten geschieden, leben sie zwischen ihren bekannten Felsen und leuchtenden Schneefeldern.
Den Genossen entsprechend ist ihre Lebensweise hart, ihre Habe dürftig wie der Alpenbach, ihr Vergnügen und Hoffnung - bessere Zukunft!".

Am 5. Juni 1895 erging das Landesgesetz für das Herzogtum Kärnten,
wonach die bisherige Großgemeinde Obervellach getrennt werden sollte.

Dies geschah auch und es entstanden drei neue Ortsgemeinden,
Penk, Flattach und Mallnitz.

Mallnitz wurde nochmals in Mallnitz, Stappitz, Rabisch und Dösen unterteilt.
Am 30. März 1896 wurden die ersten Gemeinderatswahlen durchgeführt,
ein Datum, welches als die eigentliche Geburtsstunde der selbstständigen Gemeinde Mallnitz gelten darf.

Der erste Gemeinderat setzte sich aus folgenden Mallnitzer Bauern und Bürgern zusammen:

• Josef Noisternig, Wirt
• Josef Salentinig
• Alois Glantschnig, Paßhuber
• Alois Stranig, Zocher
• Alois Glantschnig, Stocker
• Melchior Angermann, Samer
• Josef Gruber
• Josef Weber
• Josef Hohenwarter, Schulleiter

Am 25. April 1896 wurde schließlich
Alois Glantschnig, Paßhuber, einstimmig zum ersten
Bürgermeister von Mallnitz gewählt.