A l'œuvre sur les deux premiers MEN IN BLACK, le réalisateur Barry Sonnenfeld a repris les rennes de la saga pour ce troisième épisode. Quatre fois nommé aux Oscars, le chef décorateur Bo Welch, déjà en poste sur les deux précédents MEN IN BLACK, y fait également son retour.

Le scénario de MEN IN BLACK 3 a été écrit par Etan Cohen, auteur entre autres de TONNERRE SOUS LES TROPIQUES et de MADAGASCAR 2.

Derrière la caméra, l'équipe du film s'est composée du célèbre maquilleur Rick Baker, concepteur des aliens et détenteur de sept Oscars dont un pour son travail sur le premier MEN IN BLACK. Également récompensé aux Oscars à cinq reprises, Ken Ralston s'est chargé de la supervision des effets visuels avec Jay Redd. Le directeur de la photographie Bill Pope était lui présent sur la série des MATRIX et sur SPIDERMAN 2 et 3.

C'est Jemaine Clément, l'un des deux héros de la série comique et musicale FLIGHT OF THE CONCHORDS, qui incarne Boris l'Animal, le méchant du film.