PTB - 8.21 - Bioelektrizität und Biomagnetismus

Fachlaboratorium 8.21
Bioelektrizität und Biomagnetismus

Standardisiertes Datenformat für Biosignale

Ansprechpartner:

Die PTB hat ein Datenformat zur einfachen Repräsentation biomagnetischer und bioelektrischer Meßdaten entwickelt. Mit diesem Datenformat ist es möglich, die Meßdaten und die Konfiguration beliebiger biomagnetischer Systeme zu repräsentieren.
Damit muß die Software nicht mehr auf ein bestimmtes System angepaßt werden, sondern ist in der Lage, Daten von jedem Meßsystem konsistent zu verarbeiten.

Jede Messung wird durch ein Headerfile (in ASCII) und das Datenfile (in beliebigem Format) beschrieben. Das Headerfile enthält die folgenden Informationen:

Beschreibung des Meßsystems (Geometrie, Gradiometerkonfiguration, ....)
Beschreibung der Messung(Ort, Zeit, Trigger, ...)
Beschreibung des Meßdatenfiles (Datentyp, Kodierung, ...)
Beschreibung des Patienten/Probanden/Meßobjekts

Das Datenfile enthält die Meßdaten in einer einfachen Matrix (Kanäle x Zeitpunkte). Möglich sind die Datentypen: byte, short, int, float, double und ascii.
Es existieren Softwarepakete in C und in IDL, um diese Daten zu lesen und zu schreiben.

Im folgenden ein Beispiel für den Header einer Messung mit einem 1-Kanal-System, Gradiometer 1.Ordnung:

[Header]
version= 1.0
id= 1
name= converted from mes with awk -f mes2hdr.awk
name_of_data_file= zmeq3110s6.0102.avg

[Dataformat]
* data types : HP-UX data
* 1=(1 byte int) 2=(2 byte int) 3=(4 byte int)
* 4=(4 byte float) 5=(8 byte float) 6=(ASCII)
* PC data
* 11=(1 byte int) 12=(2 byte int) 13=(4 byte int)
* 14=(4 byte float) 15=(8 byte float) 16=(ASCII)
version= 1.0
name= PTB_dat_data_format
number_of_samples= 1500
type= 16

[System]
version= 0.0
number_of_channels= 1
*---------------------------------------------------------------
*seq id use name calib grd grd_name grp n_sensors
*---------------------------------------------------------------
parameter_of_channels= {
0000 0000 1 00V 4.747 0 -- 0000 2
0000 1.000000 * 00V
0073 -1.000000 * 08V
}

number_of_groups= 1
*----------------------------------------
*id use name unit exp calib
*----------------------------------------
parameter_of_groups= {
0000 1 PTB-Mag_z T -15 1.000
}

number_of_modules= 1
*-------------------------------------------------------------------------
*id name x y z a b c unit exp name
*-------------------------------------------------------------------------
parameter_of_modules= {
0000 Magnetic 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 -2 m
}

number_of_sensors= 2
*---------------------------------------------------------------------------
*id name type mod x y z a b c area
*---------------------------------------------------------------------------
parameter_of_sensors= {
0000 00V 1 0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000000
0073 08V 1 0000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 1.000 0.000000
}

[Measurement]
version= 1.0
laboratory_name= steglitz
measurement_day= 28 AUG. 1997, THU.
measurement_time= 10:18 AM
sampling_unit= s
sampling_step= 1.000000
sampling_exponent= -3
project= MCG Test measurement

[Patient]
version= 1.0
id= 510
clinical_id= ux172349-05
sex= 0
birthday= unknown
institution= ptb

Fachlaboratorium 8.21 Bioelektrizität und Biomagnetismus Standardisiertes Datenformat für Biosignale

Fachlaboratorium 8.21
Bioelektrizität und Biomagnetismus

Standardisiertes Datenformat für Biosignale