Der Ritterliche Orden St. Johannis vom Spital zu Jerusalem ist der älteste geistliche Ritterorden. Die Anfänge liegen im Dunkel. Nach den Quellen gründeten Kaufleute aus Amalfi zwischen 1048 und 1071 in Jerusalem ein Hospital für arme und kranke Pilger, das eine Laienbruderschaft leitete. Die Eroberung Jerusalems durch die Kreuzfahrer (1099) war für das Hospital zunächst ohne Einfluss. 1113 konnte es von Papst Paschalis II. ein Schutzprivileg erlangen, das bereits sieben Filialhospitäler in Bari, Otranto, Tarent, Messina, Pisa, Asti und Saint Gilles (Südfrankreich) erwähnt.

Unter Raimund von Puy (1120-1160), der dem ersten bekannten Meister Gerhard nachfolgte, vollzog sich der Wandel von der Spitalbruderschaft zum geistlichen Ritterorden. Über die diakonischen Tätigkeiten hinaus übernahm er militärische Aufgaben.

1206 wurden als nationale Zusammenschlüsse sogenannte Zungen gebildet. Innerhalb dieser Zungen bestanden (Groß-) Priorate, die wiederum in Balleyen und Kommenden unterteilt waren. Eine Balley fasste mehrere Kommenden eines (Groß-) Priorats zusammen. Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts blieb diese Organisationsstruktur im wesentlichen unverändert. Der Johanniterorden lässt sich als erste übernationale Gemeinschaft Europas bezeichnen.

Nach dem Fall Akkós (1291) und dem damit verbundenen endgültigen Verlust des Heiligen Landes für die Kreuzfahrer war vorübergehend Limassol auf Zypern, sodann Rhodos (1306 - 1522) Hauptsitz des Johanniterordens. Infolge der Aufhebung des Templerordens (1312) erwarb der Johanniterorden in Europa zusätzlichen Besitz. Der Johanniterorden konnte seine Herrschaft von Rhodos aus auf andere Inseln des Dodekanes und bis auf das kleinasiatische Festland ausdehnen. Obwohl der Johanniterorden mehrere osmanische Angriffe erfolgreich abwehren konnte, ging Rhodos 1522/23 verloren. 1530 wurde der Johanniterorden von Kaiser Karl V. mit Malta belehnt. Die Reformation führte zum Verlust von Besitzungen vorwiegend in England und Skandinavien. Gleichwohl verblieben die protestantischen Ritter der Balley Brandenburg weiterhin im Johanniterorden.

Die seit 1351 nachgewiesene Balley Brandenburg, aus der sich der heutige evangelische Johanniterorden entwickelte, nahm schon im Mittelalter eine Sonderstellung innerhalb des deutschen Großpriorats und des Gesamtordens ein. Dadurch überdauerte sie die Reformation und blieb bis zum 19. Jahrhundert, auch wenn nur lose eingebunden, im Gesamtverband des Ordens. Die Befürchtungen der norddeutschen Ritterbrüder, die sich aus der Veräußerung einiger Ordensgüter durch das deutsche Großpriorat in Pommern und Pommerellen ergeben hatten, führten 1382 zum Vergleich von Heimbach mit dem deutschen Großprior. In diesem Vertrag, den das Generalkapitel des Johanniterordens bestätigte, errang die Balley Brandenburg weitgehende Autonomie. So durften die Ritter der Balley ihr Oberhaupt, den Herrenmeister, frei wählen. Dieser Selbständigkeit im Orden stand eine enge Verbindung mit den Kurfürsten von Brandenburg gegenüber.

1810/11 säkularisierte der preußische Staat alle geistlichen Güter, auch die des Johanniterordens, der als Rechtspersönlichkeit fortbestand. Sie war fortan nur noch ein vermögensloser Personenverband. Von 1811 bis 1852 gab es in Preußen als Verdienstorden den Königlichen St. Johanniter-Orden. 1852 stellte König Friedrich Wilhelm IV. den Johanniterorden als selbständigen geistlichen Ritterorden wieder her. Dieser nunmehr rein evangelische Johanniterorden (amtlich "Balley Brandenburg des Ritterlichen Ordens vom Spital zu Jerusalem, genannt "Der Johanniterorden") widmet sich diakonischen Aufgaben und tritt für den christlichen Glauben ein. Dem Johanniterorden (heutiger Sitz Berlin) gehören weltweit in 18 deutschen und fünf ausländischen Genossenschaften bzw. Kommenden 3.300 Ritter an.

An der Spitze des Johanniterordens steht der Herrenmeister. Seit 1693 wurden ununterbrochen Hohenzollernprinzen zu Herrenmeistern gewählt. Die Ordensregierung führt unter Leitung des Ordenskanzlers die Geschäfte des Johanniterordens. Oberstes Organ des Johanniterordens ist das OrdenskapiteI.

Ihm gehören u.a. der Herrenmeister, der Ordensstatthalter, die Kommendatoren (Leiter der Genossenschaften bzw. Kommenden) und die Mitglieder der Ordensregierung an.

Der Johanniterorden trägt Alteneinrichtungen und Krankenhäuser. Als Ordenswerke bestehen die Johanniter-Unfall-Hilfe e.V. (1,2 Mio aktive und fördernde Mitglieder), die Johanniter-Schwesternschaft e.V. und die Johanniter-Hilfsgemeinschaften. Die diakonischen Tätigkeiten des Johanniterordens haben unter dem von1958 bis 1999 amtierenden 36. Herrenmeister, S.K.H. Wilhelm-Karl Prinz v. Preußen, einen bedeutenden Aufschwung genommen. Seit 1999 ist sein Sohn S.K.H. Oskar Prinz von Preußen sein Nachfolger.

Der Johanniterorden arbeitet nicht nur mit dem Malteserorden, sondern auch mit den drei protestantischen Orden des Hl. Johannes in Großbritannien (Order of St. John; Neugründung des 19. Jahrhunderts mit dem jeweiligen britischen Monarchen als Oberhaupt), den Niederlanden (Johanniter Orde in Nederland; seit 1946 selbständig) und Schweden (Johanniterorden i Sverige; seit 1946 selbständig) eng zusammen.