Grundlage für Maßnahmen im Naturschutz ist das Wissen um den Zustand der Ökosysteme und dessen Veränderungen. Dieses Wissen wird durch die langfristige und systematische Beobachtung (= Monitoring) von Arten und Lebensräumen erlangt.
Durch ein gutes Meeresmonitoringprogramm lassen sich negative Entwicklungen der marinen biologischen Vielfalt zuverlässig und frühzeitig erkennen und zielgerichtete Maßnahmen auslösen. Vielfach können anhand von Überwachungsdaten spezifische Auswirkungen von konkreten menschlichen Aktivitäten auf die biologische Vielfalt im Meer identifiziert werden.
Das Monitoring mariner Arten und Lebensräume liefert Daten zum Erhaltungszustand von Lebensräumen und Tier- und Pflanzenpopulationen, deren Verbreitung und Vorkommen, Habitatqualität, sowie Trends und Gefährdungen. Der Zustand wird anhand festgelegter Kriterien bewertet, siehe Bewertungsschemata Arten und marine Lebensraumtypen FFH-Richtlinie . Je nach Einschätzung der Ergebnisse bilden die Bewertungen dann die Grundlage für die Einleitung von Schutzmaßnahmen. Deren Wirksamkeit wird wiederum erneut anhand von Monitoringdaten evaluiert (s. Abb.).
Für die Bewertung des Erfolges von Schutzmaßnahmen und Programmen zur ökosystemgerechten und nachhaltigen Nutzung werden z.T. spezifisch entwickelte Indikatoren verwendet, so zum Beispiel die unter OSPAR entwickelten EcoQOs (Ecological Quality Objectives), die stellvertretend für das System als Zustandsanzeiger fungieren.
Während für den Naturschutz im Küstenmeer die Küstenbundesländer zuständig sind, ist im Bereich der Ausschließlichen Wirtschaftszone der Bundesrepublik Deutschland, also in Meeresgebieten zwischen 12 und 200 sm von der Küstenbasislinie, aufgrund der durch das Seerechtsübereinkommen (SRÜ) eingeschränkten souveränen Hoheitsrechte der Bund zuständig. Hier wird der Meeresnaturschutz durch das Bundesumweltministerium und das BfN verteten. Neben anderen naturschutzfachlichen Verpflichtungen ist das Monitoring und die Bewertung des Erhaltungszustands geschützter Arten und Lebensräume elementarer Bestandteil dieser Schutzaufgaben.
